في أعقاب التأثير الرابع، تقطعت بهم السبل بدون الإنجيليين، وجد شينجي وأسوكا وري ملاذًا في أحد الجيوب النادرة للبشرية التي لا تزال موجودة على كوكب الأرض المدمر. هناك، يعيش كل منهم حياة مختلفة تمامًا عن أيامهم كطيار إيفانجيليون. ومع ذلك، فإن الخطر على العالم لم ينته بعد. يلوح في الأفق تأثير جديد - تأثير سيثبت أنه النهاية الحقيقية لإيفانجيليون.